E Museo de Historia Natural esta ubicado en el Paraninfo Universitario, en la plaza de armas; este museo cuenta con un patrimonio resultante de un arduo trabajo de profesores y estudiantes dedicados a incrementar las diferentes colecciones que son muestras representativas de la flora y fauna de la región, existiendo ademá s muestras correspondientes al espectro nacional; el museo cuenta con colecciones geológicas, con muestras de minerales, rocas y cristales de diversa índole; una sección paleontológica con muestras de fósiles, destacando la colección de vertebrados fósiles del Cusco, entre los más importantes están el megaterio, el gliptodonte, un mastodonte , el caballo americano y un sin número de fósiles invertebrados así como una pequeña colección de fósiles vegetales. La sección dedicada a la fauna consta de muestras taxidermizadas y frascos de conservación de embriones de diferentes animales, incluyendo una colección de desarrollo embrionario humano. La sección dedicada a la flora incluye muestras representativas de la región como por ejemplo una colección de hongos microscópicos y otra de plantas medicinales tradicionales. El museo cuenta con una sala de dioramas que son de la costa, sierra y selva, donde se exhibe las diferencias de ecosistemas de diferentes regiones del Perú, con sus especies más representativas.